Vor der Ankunft der Europäer lebten viele einhei­mische Stämme auf der Wüsten­halbinsel Baja California.

Die bedeutendsten linguistischen Gruppen bildeten hierbei die Yumans, Guaycura, Huchiti und die Pericú. Die meisten dieser Stämme sind heute ausgestorben. Arte­fakte und Aufzeich­nungen zeigen, dass es sich bei diesen Gruppen um Jäger und Sammler gehandelt hat. Einzig­artiges Zeugnis dieser vergangenen Kultur sind die von der UNESCO zum Welt­kultur­erbe erhobenen Höhlen­malereien der Sierra San Francisco.

Nachdem das zentrale Festland Mexikos von den Konquis­tadoren erobert worden war, standen neue Gerüchte zur Debatte, wonach unglaub­licher Reichtum im Westen zu suchen sei. Hernán Cortés segelte daraufhin 1535 von der West­küste Mexikos in die heutige Bucht von La Paz, wo er eine erste kleine Kolonie gründete. Aufgrund von Versorgungs­engpässen wurde diese jedoch 1537 wieder aufgegeben. Nach zahl­reichen weiteren Folge­expeditionen erforschte 1602 Sebastián Vizcaíno die Pazifik­küste der Baja und erstellte die erste detail­lierte Karte der Wüsten­halbinsel. Die darauf verzeichneten Namen sind größten­teils noch heute in Gebrauch.

1683 gründete Isidro de Atondo y Antillón eine Kolonie an der Stelle des heutigen La Paz. Konflikte mit den dort ansässigen Einhei­mischen zwangen ihn aber, die Kolonie nach San Bruno zu verlegen. Aber auch diese Kolonie musste 1685 aufgrund einer fast zwei­jährigen Dürre aufgegeben werden. Mit ihm war Pater Eusebio Kino auf die Baja gekommen, auf dessen Drängen 12 Jahre später der Jesuiten­orden die Christiani­sierung der Wüsten­halbinsel beschloss.

Im Oktober 1697 landete Pater Juan María Salvatierra an der Ostküste mit sechs Soldaten und gründete die Mission von Loreto. Die Mission sollte die erste spanische Siedlung in Kalifornien sein, von der aus die Jesuiten während der folgenden sieben Jahr­zehnte Nieder­kalifornien kontrollierten. Insgesamt wurden von den furcht­losen Jesuiten 23 Missionen gegründet, von denen 14 erfolg­reich waren. Die Missionare unter­richteten die Indianer in religiöser und land­wirtschaft­licher Hinsicht. Die Missionen wurden unter­einander durch Pfade verbunden und sammelten wissen­schaftliche ­Informationen bezüglich Natur, Geographie und Ethnologie.

Jedoch war es den Priestern unmöglich, die „Columbian Exchange“ auf­zuhalten. Einge­schleppte Krank­heiten und Seuchen forderten Tausende von Todes­fällen. Revolten taten ihr übriges. Insgesamt wurde die Position der Jesuiten deutlich geschwächt. 1768 wurde der Orden – als Folge von politischen Intrigen in Spanien – aus Kalifornien verbannt.

Im selben Jahr übernahmen die Franzis­kaner die Missionen. Ein kurzer Aufstand machte ihnen jedoch deutlich, dass ihre Aufgabe mehr im nörd­lichen Kalifornien liegt. 1773 übernahmen somit die Dominikaner die Missionen und führten diese erfolgreich. 1832 verordnete die mexika­nische Regierung die Säkulari­sierung aller Missionen zu Gemeinden. Noch heute existieren viele der Missionen, während andere in Ruinen liegen oder wieder restauriert werden. Weit weg von der Zentral­regierung in Mexiko-Stadt wurde die Baja California schnell zur vergessenen Wüsten­halbinsel – eine Zuflucht für Kriminelle, Glücks­sucher, Piraten und Schmuggler.

Im mexikanisch-amerikanischen Krieg 1846-1848 separierte man Kalifornien in das heutige Ober- und Nieder­kalifornien. Diese Teilung sollte zu unzähligen Spannungen zwischen den USA und Mexiko bis in die Gegenwart führen. Die Investi­tionen amerikanischer Firmen in Erzminen und Land beunruhigte die Mexikaner stark. Der notorische amerikanische Flibustier William Walker unterstrich diese Befürch­tungen nur noch durch seinen Hand­streich, als er die Baja attackierte und sich zum Präsidenten eines neuen US-Staates ernannte. Auch wenn er schnell seines Amtes enthoben wurde, so gab es immer neue Rebellen, die jene Wüsten­halbinsel für ihre Zwecke benutzten. Die Prohibition in den Vereinigten Staaten brachte den mexika­nischen Grenz­städten – insbesondere Tijuana – einen gewaltigen Aufschwung. Tausende von Amerikanern kamen, um sich in einer liberaleren Umgebung zu amüsieren. Erst 1938 ging der mexika­nische Präsident Cárdenas gegen die Spieler und Gesetz­losen in der Baja vor. Endlich wurden Agrar- und Schul­reformen durchgesetzt und umgesetzt. 1952 wurde unter der Präsident­schaft Alemáns der nördliche Teil der Baja zum offiziellen Staat Mexikos – Baja California (oft auch als Baja California Norte bezeichnet) mit der Haupt­stadt Mexicali. 1974 wurde die südliche Halbinsel der 30. Staat Mexikos – Baja California Sur mit La Paz als Hauptstadt. Jeder Staat setzt sich aus den einzelnen municipios (Kreise) zusammen. Der Staat Baja California mit einer Bevölkerung von fast drei Millionen Menschen ist ent­sprechend seiner Städte in die municipios Tijuana, Ensenada, Tecate und Mexicali aufgeteilt. Der Staat Baja California Sur mit knapp 400.000 Menschen umfasst die municipios Mulegé, Loreto, Comondú, La Paz und Los Cabos.

In den vergangenen 35 Jahren konnte die Wüstenhalbinsel viele Fort­schritte verzeichnen. Der unglaub­liche Reichtum der Meere und die gewaltigen Boden­schätze haben eine bedeutende Industrie angelockt. Die Erschließung land­wirtschaft­licher Flächen ist weithin sichtbar, und durch staatliche Hilfe haben sich viele land­wirtschaft­liche Genossen­schaften etablieren können. Schließlich wurde die Baja California mit der Fertig­stellung der MEX-1 komplett befahrbar und eröffnet dem Besucher ungeahnte Aussichten.